Media Go 2.9からCD取り込みで作られるMP4の構造が変わってWMPのライブラリがおかしくなった
2016年10月18日 追記
2015年6月12日当時の文章
Media Goを2.9.0.406にアップデートした後に取り込んだ曲をWMPのライブラリで見ると表示がおかしくなっていることに気づきました。
アップデート前と後でMP4の構造を比較してみたら、アップデート後に作られたMP4はmoov.metaがmetaになって末尾に移動していることがわかりました。
おかしくなった曲はいったんライブラリから消して再登録すると直ったのでファイル自体が悪いというわけではないようです。
WMPでのサイズが小さく表示されていることから、出力途中のファイルを捕捉したんじゃないかと思います。
しかしWMPとMedia Go共に仕様となると、今回のアップデートで相性が悪くなったということになるかと思います。